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<title>SunSpider regexp-dna</title>

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<h3>regexp-dna</h3>
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var _sunSpiderStartDate = new Date();

// The Computer Language Shootout
// http://shootout.alioth.debian.org/
//
// contributed by Jesse Millikan
// Base on the Ruby version by jose fco. gonzalez

var l;
var dnaInput = ">ONE Homo sapiens alu\n\
GGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGA\n\
TCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACT\n\
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AGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAGGCCG\n\
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CGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAG\n\
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ACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGC\n\
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GCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGAT\n\
CACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTA\n\
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GAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAAT\n\
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CCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTA\n\
ATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCA\n\
GCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTGG\n\
TGGCGCGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCC\n\
GGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGA\n\
GCGAGACTCCGTCTCAAAAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTT\n\
GGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACAT\n\
GGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGCGCGCCTG\n\
TAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGT\n\
TGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTC\n\
TCAAAAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGC\n\
GGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGT\n\
CTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGCGCGCCTGTAATCCCAGCTAC\n\
TCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGA\n\
GATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAGGCCGG\n\
GCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCT\n\
GAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAAT\n\
ACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGCGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAG\n\
GCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTG\n\
CACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCA\n\
CGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTT\n\
CGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCC\n\
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AGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTG\n\
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ACTCCGTCTCAAAAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAG\n\
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GTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTA\n\
GCCGGGCGTGGTGGCGCGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAAT\n\
CGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCC\n\
TGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAAT\n\
CCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGC\n\
CTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTG\n\
GCGCGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGG\n\
GAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGC\n\
GAGACTCCGTCTCAAAAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGG\n\
GAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGG\n\
TGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGCGCGCCTGTA\n\
ATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTG\n\
CAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTC\n\
AAAAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGG\n\
GCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCT\n\
CTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGCGCGCCTGTAATCCCAGCTACTC\n\
GGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGA\n\
TCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAGGCCGGGC\n\
GCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGA\n\
GGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATAC\n\
AAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGCGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGC\n\
AGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCA\n\
CTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACG\n\
CCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCG\n\
AGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGG\n\
GCGTGGTGGCGCGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTT\n\
GAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGC\n\
GACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAG\n\
CACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGC\n\
CAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGCG\n\
CGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGC\n\
GGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGAC\n\
TCCGTCTCAAAAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGC\n\
CGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAA\n\
CCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGCGCGCCTGTAATCCC\n\
AGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTG\n\
AGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAA\n\
GGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGA\n\
TCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACT\n\
AAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGCGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAG\n\
GCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCG\n\
CCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAGGCCGGGCGCGGT\n\
GGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCA\n\
GGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAA\n\
TTAGCCGGGCGTGGTGGCGCGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAG\n\
AATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCA\n\
GCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGT\n\
AATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACC\n\
AGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTG\n\
GTGGCGCGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACC\n\
CGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAG\n\
AGCGAGACTCCGTCTCAAAAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTT\n\
TGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACA\n\
TGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGCGCGCCT\n\
GTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGG\n\
TTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGT\n\
CTCAAAAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGG\n\
CGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCG\n\
TCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGCGCGCCTGTAATCCCAGCTA\n\
CTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCG\n\
AGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAGGCCG\n\
GGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACC\n\
TGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAA\n\
TACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGCGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGA\n\
GGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACT\n\
GCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAGGCCGGGCGCGGTGGCTC\n\
ACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGT\n\
TCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGC\n\
CGGGCGTGGTGGCGCGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCG\n\
CTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTG\n\
GGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCC\n\
CAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCT\n\
GGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGC\n\
GCGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGA\n\
GGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGA\n\
GACTCCGTCTCAAAAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGA\n\
GGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTG\n\
AAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGCGCGCCTGTAAT\n\
CCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCA\n\
GTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAA\n\
AAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGC\n\
GGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCT\n\
ACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGCGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGG\n\
GAGGCTGAGGCAGGAGAATC\n\
>TWO IUB ambiguity codes\n\
cttBtatcatatgctaKggNcataaaSatgtaaaDcDRtBggDtctttataattcBgtcg\n\
tactDtDagcctatttSVHtHttKtgtHMaSattgWaHKHttttagacatWatgtRgaaa\n\
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cattHWtMMWcStgttaggKtSgaYaaccWStcgBttgcgaMttBYatcWtgacaYcaga\n\
gtaBDtRacttttcWatMttDBcatWtatcttactaBgaYtcttgttttttttYaaScYa\n\
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tttHatSttMtWgtcgtatSSagactYaaattcaMtWatttaSgYttaRgKaRtccactt\n\
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tacgtVtcVaattVMBcttaMtttaStgacttagattWWacVtgWYagWVRctDattBYt\n\
gtttaagaagattattgacVatMaacattVctgtBSgaVtgWWggaKHaatKWcBScSWa\n\
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tgDcgtMgcatBtgcttcgcgaDWgagctgcgaggggVtaaScNatttacttaatgacag\n\
cccccacatYScaMgtaggtYaNgttctgaMaacNaMRaacaaacaKctacatagYWctg\n\
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KtWaStVcNKHKttactatccctcatgWHatWaRcttactaggatctataDtDHBttata\n\
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tacatcBggScagtVcacattttgaHaDSgHatRMaHWggtatatRgccDttcgtatcga\n\
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cBVctgcaVatVttRtactgtVcaattHgtaaattaaattttYtatattaaRSgYtgBag\n\
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ttVctagctDaaagtaVaKaKRtaacBgtatccaaccactHHaagaagaaggaNaaatBW\n\
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ttactttacgatcaccNtaDVgSRcgVcgtgaacgaNtaNatatagtHtMgtHcMtagaa\n\
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gYatBtRaDatHaactgtttatatDttttaaaKVccYcaaccNcBcgHaaVcattHctcg\n\
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gtgtYtaStattattMtNgWtgttKaccaatagNYttattcgtatHcWtctaaaNVYKKt\n\
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aaYttacacaaRttcYtWttgHcaYYtaMgBaBatctNgcDtNttacgacDcgataaSat\n\
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tatatgatNHVgBMtKtaKaNttDHaagatactHaccHtcatttaaagttVaMcNgHata\n\
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tatttattatcYttaWtgtBRtWatgHaaattHataagtVaDtWaVaWtgStcgtMSgaS\n\
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ttctttggSDtNtaStagttataaacaattgcaBaBWggHgcaaaBtYgctaatgaaatW\n\
cDcttHtcMtWWattBHatcatcaaatctKMagtDNatttWaBtHaaaNgMttaaStagt\n\
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catacMtttBctatctBaatcattMttMYgattaaVYatgDaatVagtattDacaacDMa\n\
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ggaacaBVaccgtttaStagaacaMtactccagtttVctaaRaaHttNcttagcaattta\n\
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cattVcaHaNaagtataccacaWtaRtaaVKgMYaWgttaKggKMtKcgWatcaDatYtK\n\
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ggRKSttgYtYatDccagttDgaKccacgVatWcataVaaagaataMgtgataaKYaaat\n\
cHDaacgataYctRtcYatcgcaMgtNttaBttttgatttaRtStgcaacaaaataccVg\n\
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agtcNactttDVttagaaagMHttRaNcSaRaMgBttattggtttaRMggatggcKDgWR\n\
tNaataataWKKacttcKWaaagNaBttaBatMHtccattaacttccccYtcBcYRtaga\n\
ttaagctaaYBDttaNtgaaaccHcaRMtKtaaHMcNBttaNaNcVcgVttWNtDaBatg\n\
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tacgttgggcHaYVaaNaDDttHtcaaHtcVVDgBVagcMacgtgttaaBRNtatRtcag\n\
taagaggtttaagacaVaaggttaWatctccgtVtaDtcDatttccVatgtacNtttccg\n\
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tctgccgatggtgccatcctattcaaagaatttcttaaaagtagattaaatgggactttt\n\
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taagctaccacttctatgatacaccaatagttgttctacggaatctgataattggccaag\n\
tcataaacttccgctgcgttcaacccccttgctcgaatatccaactcgaaaagacagcct\n\
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cagaccaaaaactccgcggatttaccatcctccaagaacaaatttgcatcaacatagcat\n\
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catcagctaattcgttttgccagtggtgacttgcgctggaagaatcgttatacggtccct\n\
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tacctaaactgatcgccgtatcctagtagtttgaaatttgatgtaccgtaatgatcaacg\n\
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agaattaaagcctttatttcctccacggagtagcccgtaatccggttcgaaagagaccat\n\
tgaagttaattttcatatccagtgaagtttaggcacaagcatgtgttctgccacatgcct\n\
caaagcgctcttcaaccaagatatgattcatcctaacttcgatgaatgcgtctgtaacat\n\
aaatatagaaggaatgattcggcgagttaattttcgccttctccaacatggcatccctac\n\
gttcgttataaggaccatacatgtaggttttaaaggtttgcggttaatcgatatttacat\n\
catagaaattctatagtcaaatttacaagactctagatactcactcgttgcagccggcta\n\
ggaagcgctttgtaccttacttcccttttcgttgcgtaatatgaatttcatatagtaagt\n\
tcaaggcactcatacctccgtgaagagggtagatagactattaaagttgtttaatagtac\n\
gtattgatggaaatgacccgtaggagatttaccactcaatccacaagattcgctgctgtg\n\
cattatcaaaacagtgcatgtcgaaacatgggttgggtccttcaaacacgaatccaggta\n\
gagatacctttgcaattttt\n";

dnaInput = dnaInput + dnaInput + dnaInput;

var ilen, clen,
 seqs = [
  /agggtaaa|tttaccct/ig,
  /[cgt]gggtaaa|tttaccc[acg]/ig,
  /a[act]ggtaaa|tttacc[agt]t/ig,
  /ag[act]gtaaa|tttac[agt]ct/ig,
  /agg[act]taaa|ttta[agt]cct/ig,
  /aggg[acg]aaa|ttt[cgt]ccct/ig,
  /agggt[cgt]aa|tt[acg]accct/ig,
  /agggta[cgt]a|t[acg]taccct/ig,
  /agggtaa[cgt]|[acg]ttaccct/ig],
 subs = {
  B: '(c|g|t)', D: '(a|g|t)', H: '(a|c|t)', K: '(g|t)',
  M: '(a|c)', N: '(a|c|g|t)', R: '(a|g)', S: '(c|t)',
  V: '(a|c|g)', W: '(a|t)', Y: '(c|t)' }

ilen = dnaInput.length;

// There is no in-place substitution
dnaInput = dnaInput.replace(/>.*\n|\n/g,"")
clen = dnaInput.length

var dnaOutputString = "";

for(i in seqs)
    dnaOutputString += seqs[i].source + " " + (dnaInput.match(seqs[i]) || []).length + "\n";
 // match returns null if no matches, so replace with empty

for(k in subs)
 dnaInput = dnaInput.replace(k, subs[k]) // FIXME: Would like this to be a global substitution in a future version of SunSpider.
 // search string, replacement string, flags


var _sunSpiderInterval = new Date() - _sunSpiderStartDate;

document.getElementById("console").innerHTML = _sunSpiderInterval;
</script>


</body>
</html>